www.nationalcprassociation.com

Gruźlica (TB) jest chorobą bakteryjną wywoływaną przez prątki Mycobacterium tuberculosis i mimo postępu medycyny w walce z nią, wciąż stanowi na świecie ogromny problem zdrowotny. W ostatnich latach nauka poczyniła duże postępy w badaniach proteomu i metabolomu M. tuberculosis, a analiza transkryptomu dostarczyła podstaw dla większości naszych obecnych badań nad fizjologią prątków. Niestety mniej uwagi poświęcono zrozumieniu procesów kształtujących ich transkryptom poprzez regulację szybkości rozpadu RNA, a dzięki temu ich potencjalną podatność jako cele leków. Dlatego też naukowcy z Polskiej Akademii Nauk, Pracowni Biobank oraz Instytutu Genetyki i Biotechnologii Uniwersytetu Warszawskiego i Mill Hill Laboratory w Londynie przeprowadzili badania, których celem była identyfikacja podstawowych składników degradosomu RNA M. tuberculosis i analiza ich funkcji w metabolizmie RNA. Swoje wyniki przedstawili w pracy “Proteomic and transcriptomic experiments reveal an essential role of RNA degradosome complexes in shaping the transcriptome of Mycobacterium tuberculosis” opublikowanej na łamach Nucleic Acids Research (IF= 11.561).  Zapraszamy do lektury.

 

 

 

 

Przemysław Płociński1,2,3 Maria Macios1 Joanna Houghton2 Emilia Niemiec1 Renata Płocińska3 Anna Brzostek3 Marcin Słomka4 Jarosław Dziadek3 Douglas Young2 Andrzej Dziembowski1,5

1Institute of Biochemistry and Biophysics, Polish Academy of Sciences, Pawińskiego 5A, Warsaw 02-106, Poland

2Mill Hill Laboratory, Francis Crick Institute, The Ridgeway, Mill Hill, London NW7 1AA, UK

3Institute of Medical Biology, Polish Academy of Sciences, Lodowa 106, Łódź 93-232, Poland

4Biobank Lab, Department of Molecular Biophysics, Faculty of Biology and Environmental Protection, University of Łódź, Pilarskiego 14/16, Łódź 90-231, Poland

5Institute of Genetics and Biotechnology, University of Warsaw, Pawińskiego 5A, Warsaw 02-106, Poland

 

 

Abstract

The phenotypic adjustments of Mycobacterium tuberculosis are commonly inferred from the analysis of transcript abundance. While mechanisms of transcriptional regulation have been extensively analysed in mycobacteria, little is known about mechanisms that shape the transcriptome by regulating RNA decay rates. The aim of the present study is to identify the core components of the RNA degradosome of M. tuberculosis and to analyse their function in RNA metabolism. Using an approach involving cross-linking to 4-thiouridine-labelled RNA, we mapped the mycobacterial RNA-bound proteome and identified degradosome-related enzymes polynucleotide phosphorylase (PNPase), ATP-dependent RNA helicase (RhlE), ribonuclease E (RNase E) and ribonuclease J (RNase J) as major components. We then carried out affinity purification of eGFP-tagged recombinant constructs to identify protein-protein interactions. This identified further interactions with cold-shock proteins and novel KH-domain proteins. Engineering and transcriptional profiling of strains with a reduced level of expression of core degradosome ribonucleases provided evidence of important pleiotropic roles of the enzymes in mycobacterial RNA metabolism highlighting their potential vulnerability as drug targets.